Gmina Pasłęk położona jest  na obszarze Równiny Warmińskiej, a jedynie  północne krańce leżą w obrębie Wysoczyzny Elbląskiej. Na jej terenie znajduje się leśny rezerwat przyrody – „Kruki Pasłęckie„. Ochronie podlega tu fragment lasu liściastego z pojedynczymi, pomnikowymi dębami w wieku ponad 250 lat. Przez gminę przepływa rzeka Wąska, która  w części biegu, wraz kąpieliskiem miejskim i parkiem leśnym tworzą  Park Ekologiczny. Krajobraz jest zróżnicowany. Klimatycznie znajduje się na granicy stref pomorskiej i mazurskiej.